Oczywiście prowadzenie sklepu internetowego wiąże się ze sporymi wydatkami różnego rodzaju. Miesięczne koszty mogą wynosić nawet od kilku do kilkunastu tysięcy złotych. Wiele zależy od ilości zatrudnianych pracowników, wysokości czynszu czy ilości zamawianego towaru. Zdecydowaną większość z nich na szczęście można ująć jako koszt, co wpływa na obniżenie wysokości podatku dochodowego.
Koszty prowadzenia działalności to nic innego jak koszty ponoszone w celu osiągnięcia przychodów czy zachowania źródła przychodów. Takim kosztem jest wydatek na zakup telefonu czy komputera. Jednak aby to zrobić dany wydatek trzeba udokumentować rachunkiem lub fakturą. Trzeba też pamiętać, że takie koszty podlegają również interpretacji ze strony urzędników. Do kosztów prowadzenia firmy wpisać można jedynie wydatki związane bezpośrednio z prowadzoną działalnością. W razie potrzeby trzeba to udowodnić. Poza tym wydatek nie może znaleźć się na liście wydatków nieuznawanych za koszty uzyskania przychodów.
W sklepach internetowych zwykle jako wydatki wpisuje się koszty zakupu towarów handlowych, opakowań, a także opłaty za przesyłki kurierskie. Do wydatków wpisać można też opłaty za czynsz i media za wynajmowane biuro czy magazyn. Prowadząc firmę we własnym mieszkaniu odliczyć można jedynie część wydatków. Poza tym wiąże się to zw wzrostem podatku od nieruchomości. Do kosztów prowadzenia działalności można również wliczyć wydatki na rachunki telefoniczne, o ile telefon wykorzystywany jest w celach służbowych.
Istnieje też możliwość wpisania w koszty wydatków na zakup mebli biurowych, środków czystości czy sprzętu biurowego. Z kolei wydatki związane z transportem, które można wpisać w koszty prowadzonej działalności do zakup pojazdu, części do niego oraz paliwa, a także jego serwisowanie itd czy ceny biletów autobusowych. Co ciekawe, wydatki to także składki odprowadzane za pracowników i to bez względu na rodzaj podpisanej z nimi umowy. Podobnie jest z wydatkami na imprezy integracyjne wszelkiego rodzaju.